Trường Đại học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh hiện có 12 khoa, 2 viện nghiên cứu, 6 bộ môn trực thuộc trường, 14 trung tâm và 2 phân hiệu đại học cơ sở Tỉnh Gia Lai và Ninh Thuận.

Khoa

1. Khoa Nông học với các bộ môn: Cây công nghiệp; Cây lương thực, Rau, Hoa, Quả; Nông hóa Thổ nhưỡng; Bảo vệ Thực vật; Sinh lý Sinh hóa; Di truyền chọn giống; Thủy nông.
2. Khoa Chăn nuôi Thú y với các bộ môn: Bệnh truyền nhiễm và Thú y cộng đồng; Thú y lâm sàng; Khoa học Sinh học Thú y, Chăn nuôi chuyên khoa; Giống Động Vật; Dinh dưỡng.
3. Khoa Lâm nghiệp với các bộ môn: Lâm sinh; Trồng rừng và Lâm nghiệp đô thị; Điều chế rừng; Lâm nghiệp Xã hội; Chế biến Lâm sản.
4. Khoa Kinh tế với các bộ môn: Kinh tế Cơ bản; Phân tích định lượng; Kế toán tài chánh; Phát triển Nông thôn; Quản trị Kinh doanh; Kinh tế Môi trường và Tài nguyên.
5. Khoa Cơ khí Công nghệ với các bộ môn: Công thôn; Kỹ thuật cơ sở; Máy sau thu hoạch và chế biến; Công nghệ Nhiệt lạnh; Tự động hoá; Kỹ thuật Ô tô; Cơ điện tử, Công thôn.
6. Khoa Thủy sản với các bộ môn: Sinh học và Nguồn lợi Thủy sản; Kỹ thuật nuôi thủy sản; Quản lý và Phát triển thủy sản; Chế biến thủy sản; Bệnh học thủy sản.
7. Khoa Công nghệ Thực phẩm với các bộ môn: Vi sinh thực phẩm, Hóa sinh thực phẩm, Công nghệ Sau thu hoạch và thiết bị chế biến, Phát triển sản phẩm.
8. Khoa Khoa học với các bộ môn: Toán, Lý, Hóa, Sinh, Giáo dục thể chất, Khoa học xã hội nhân văn.
9. Khoa Ngoại ngữ với các bộ môn: Thực hành tiếng, Dịch thuật, Phương pháp giảng dạy, Ngôn ngữ học, Văn hóa nước ngoài, Anh ngữ chuyên biệt - không chuyên, Tiếng Anh quản lý, Pháp văn.
10. Khoa Công nghệ Môi trường với các bộ môn: Sinh học môi trường, Hoá học môi trường, Công nghệ xử lý môi trường, Độc chất học môi trường, Quản lý môi trường.
11. Khoa Công nghệ Thông tin với các bộ môn: Mạng máy tính, Tin học cơ sở, Công nghệ phần mềm, Hệ thống thông tin.
12. Khoa Quản lý Đất Đai và Bất Động Sản với các bộ môn: Chính sách Pháp Luật, Công nghệ địa chính, Quy hoạch, Kinh tế đất và bất động sản.

Viện Nghiên cứu Công nghệ Sinh học và Môi trường

• Nghiên cứu kỹ thuật gen.
• Ứng dụng công nghệ di truyền trong lai tạo giống mới.
• Nghiên cứu nuôi cấy mô động thực vật.
• Nghiên cứu và ứng dụng các chất có hoạt tính sinh học.
• Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ vi sinh.
• Phát triển nhiên liệu Sinh học.

Bộ môn trực thuộc Trường

• Mác - Lênin;
• Công nghệ Sinh học;
• Sư phạm Kỹ thuật Nông nghiệp;
• Cảnh quan & Kỹ thuật Hoa viên;
• Công nghệ Thông tin địa lý;
• Công nghệ hóa học.
• Công nghệ thông tin

Trung tâm

1. Trung tâm Nghiên cứu Chuyển giao khoa học công nghệ với 5 nhiệm vụ chính:
   • Cơ sở rèn nghề cho sinh viên các ngành trong trường;
   • Địa bàn tiến hành thí nghiệm cho giảng viên và sinh viên;
   • Hợp đồng nghiên cứu;
   • Tổ chức các lớp huấn luyện khuyến nông cho các địa phương;
   • Cung cấp dịch vụ thuốc thú y, gieo tinh nhân tạo cho heo, bò.
2. Trung tâm Ngoại ngữ với 3 nhiệm vụ chính:
   • Đào tạo và cấp bằng Anh ngữ trình độ A, B, C;
   • Liên kết đào tạo với các trường đại học nước ngoài cấp bằng TOEFL;
   • Tổ chức các lớp đào tạo chuyên đề ngắn hạn về Anh văn theo yêu cầu và đào tạo tiếng Việt cho người nước ngoài.
3. Trung tâm Tin học Ứng dụng với 4 nhiệm vụ chính:
   • Tổ chức thực tập tin học cho sinh viên các khoa trong trường;
   • Đào tạo và cấp chứng chỉ tin học văn phòng và lập trình trung, sơ cấp;
   • Nghiên cứu ứng dụng các phần mềm tin học sử dụng trong nông nghiệp;
   • Thiết lập cơ sở dữ liệu nông nghiệp.
4. Trung tâm Phân tích Thí nghiệm Hóa sinh:
   • Thực hiện các phân tích hóa lý gồm các chỉ tiêu như: thuốc bảo vệ thực vật, kim loại nặng, acid amin, vitamin, độc tố nấm (aflatoxin...), histamin, kháng sinh và nhiều chất khác, với các máy móc hiện đại như sắc ký khí, sắc ký lỏng cao áp, quang phổ kế hấp thu nguyên tư, quang phổ kế Tử ngoại Khả kiến;
   • Thực hiện các chẩn đoán bệnh cây trồng vật nuôi bằng công nghệ sinh học phân tử
   • Ứng dụng công nghệ sinh học vào các ngành của nông nghiệp như nông học, chăn nuôi thú y, lâm nghiệp, thủy sản, bảo quản chế biến.
5. Trung tâm Nghiên cứu Bảo vệ Môi trường:
   • Nghiên cứu các hình thức suy thoái, ô nhiễm môi trường và biện pháp bảo vệ;
   • Nghiên cứu ứng dụng các phương pháp xử lý chất thải nông nghiệp và công nghiệp thực phẩm;
   • Nghiên cứu ảnh hưởng của các độc chất, các chất gây ô nhiễm môi trường;
   • Thực hiện đánh giá tác động môi trường; Phân tích các chỉ tiêu hóa, lý, sinh của môi trường đất, nước, không khí.
6. Trung tâm Nghiên cứu Bảo quản và Chế biến Rau quả:
   • Nghiên cứu quy trình bảo quản các loại rau hoa quả nhiệt đới;
   • Nghiên cứu chế biến các sản phẩm rau hoa quả;...
7. Trung tâm Nghiên cứu Ứng dụng Kỹ thuật Địa chính|Trung tâm Nghiên cứu và Ứng dụng Công nghệ Địa chính:
   • Vẽ bản đồ, quy hoạch đất đai;
   • Phân loại đất sử dụng trong nông nghiệp;
   • Ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý đất đai;
   • Tư vấn sử dụng đất cho các địa phương;...
8. Trung tâm Nghiên cứu Khoa học và Kỹ thuật Chế biến Lâm sản:
   • Nghiên cứu về vật liệu gỗ và các cây có sợi;
   • Thực hiện đánh giá chất lượng và kiểm định và định danh gỗ;
   • Sản xuất thử nghiệm ở quy mô nhỏ;
   • Hợp tác nghiên cứu về công nghệ gỗ trong và ngoài nước, hỗ trợ cho việc chuyển giao kỹ thuật và công nghệ mới;
   • Huấn luyện nâng cao trình độ kỹ thuật chế biến gỗ và lâm sản cho các cơ sở sản xuất
9. Trung tâm Bồi dưỡng Kiến thức:
   • Bồi dưỡng văn hóa
   • Giới thiệu việc làm cho các sinh viên tốt nghiệp thuộc các khoa của trường.
10. Trung tâm Bột giấy
11. Trung tâm Hỗ trợ sinh viên và Quan hệ doanh nghiệp
12. Trung tâm Khảo thí và kiểm định chất lượng
13. Trung tâm Năng lượng và máy nông nghiệp
14. Trung tâm Công nghệ và Thiết bị Nhiệt lạnh

Phân hiệu đại học Nông Lâm Gia Lai

• Trại thủy sản;
• Trại thí nghiệm chăn nuôi;
• Trại thực nghiệm nông học;